自治区商务厅是主管自治区国内外贸易和国际经济合作的自治区人民政府组成部门。主要职能包括：

1.研究提出贯彻执行国家国内外贸易、国际经济合作、口岸工作的方针政策和法律法规的措施办法、规章制度；拟定自治区国内外贸易、国际经济合作和口岸的发展规划；监测分析本地区国内外贸易、国际经济合作和口岸的发展规划；监测分析本地区国内外贸易、对外经济合作、外商投资和口岸的宏观运行状况。

2.研究提出自治区流通体制改革意见，并组织实施；培育发展城乡市场，推进流通产业结构调整和连锁经营、物流配送、电子商务等现代流通方式。

3.研究拟定规范市场运行、流通秩序和打破市场垄断、地区封锁的政策办法；监测分析市场运行和商品供求状况，组织实施重要消费品市场调控和重要生产资料流通管理；负责“菜篮子”产品流通的行业指导和管理。

4.负责进出口商品配额计划和进出口许可证制度的组织实施；拟定贯彻国家进出口商品配额招标政策的办法并组织实施。

5.负责重要工业品、农产品、原材料等出口产品的宏观管理和监控分析；协调管理自治区边境贸易、加工贸易；负责中小企业国际市场开拓资金项目管理工作；负责国外经济合作经营资格及国际货运代理资格管理工作。

6.依法管理自治区技术进出口及认证工作；研究和推动科技兴贸战略的实施；协调办理目录项下商品工作；推进进出口贸易标准化体系建设。

7.组织实施我过加入世贸组织相关的政策、法律、法规；组织协调进出口公平贸易的相关工作；组织产业损害调查，负责产业损害预警系统建设工作；指导协调国外对本地区出口商品的反倾销、反补贴、保障措施的应诉等工作。

8.根据授权代表自治区人民政府通外国进行经贸谈判并签署有关文件，处理国别（地区）经贸关系中的重要事务；联系外国驻华官方商务机构及外商驻我区代表机构，联系我国驻外使（领）馆的经商处。

9.宏观指导和综合管理自治区吸收外商投资工作；提出贯彻执行国家吸收外商投资政策、法规的办法和措施，参与制定利用外资的发展战略和规划；依法管理外商投资审批、备案、备案确认及外商投资企业进出口配额、许可证、自动登记进口商品工作。

10.负责本地区对外经济合作工作；依法审核和监督对外承包工程、劳务合作、设计咨询等业务；审核企业对外投资开办企业（金融企业除外）和境外设立办事机构，并实施监督管理。

11.指导企业参加援外项目招标，监督检查企业实施对外援助项目；争取和管理国际对自治区无偿援助项目，管理国际主旨对本地区经济技术合作事务。

12.负责口岸规划建设、协调管理等工作。

13.承担自治区人民政府和国家商务部交办的其他事项。